Tak, jeśli IP UniPHY zostało wygenerowane przy użyciu instrukcji generowania, mogą wystąpić problemy związane z nazwą ścieżki JTAG, która komunikuje się z zestawem narzędzi External Memory Interface (EMI). Spowoduje to, że zestaw narzędzi EMI nie będzie w stanie znaleźć IP UniPHY. Rozwiązaniem jest usunięcie instrukcji generowania.
Problem zostanie rozwiązany w przyszłej wersji Quartus.® Oprogramowanie II.