W przypadku konfiguracji jako punktu końcowego mogą wystąpić problemy z sterowaniem rdzeniem Altera® PCI Express® do stanu Link Disable. Rdzeń PCI Express może przesyłać komunikat ts1 o obcinanej (nieprawidłowej długości) podczas przejścia na tryb bezczynności elektrycznej.
W symulacji moduł BFM portu głównego może występować problem z błędem "TS Ordered set length error".
Obecnie możliwe jest unikanie korzystania z tej opcjonalnej funkcji.